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#build Ace::Sim::Molecules::SynthesisBuilder
#bundle Ace::Sim::Molecules::SourceBundler
#bundle_path_for Ace::Sim::Models::SimulationSession
#cache_root Ace::Sim::Molecules::SessionStore
#call Ace::Sim::CLI::Commands::Run
#call Ace::Sim::Molecules::SourceBundler::CommandRunner
#call Ace::Sim::Molecules::StageExecutor::CommandRunner
#call Ace::Sim::Molecules::FinalSynthesisExecutor::CommandRunner
#chain_dir Ace::Sim::Molecules::SessionStore
#chain_status Ace::Sim::Molecules::SynthesisBuilder
config Ace::Sim
config_resolver Ace::Sim
default_preset_name Ace::Sim
#dry_run Ace::Sim::Models::SimulationSession
#dry_run? Ace::Sim::Models::SimulationSession
#execute Ace::Sim::Molecules::StageExecutor
#execute Ace::Sim::Molecules::FinalSynthesisExecutor
#final_dir Ace::Sim::Molecules::SessionStore
gem_root Ace::Sim
get Ace::Sim
#initialize Ace::Sim::CLI::Commands::Run
#initialize Ace::Sim::Molecules::SessionStore
#initialize Ace::Sim::Molecules::SourceBundler
#initialize Ace::Sim::Molecules::StageExecutor
#initialize Ace::Sim::Models::SimulationSession
#initialize Ace::Sim::Organisms::SimulationRunner
#initialize Ace::Sim::Molecules::FinalSynthesisExecutor
load_preset Ace::Sim
next_run_id Ace::Sim
normalize_list Ace::Sim
#prepare_run Ace::Sim::Molecules::SessionStore
#prepare_step_dir Ace::Sim::Molecules::SessionStore
#preset Ace::Sim::Models::SimulationSession
preset_names Ace::Sim
#providers Ace::Sim::Models::SimulationSession
#regenerate_run_id! Ace::Sim::Models::SimulationSession
#repeat Ace::Sim::Models::SimulationSession
reset_config! Ace::Sim
#run Ace::Sim::Organisms::SimulationRunner
#run_dir_for Ace::Sim::Molecules::SessionStore
#run_id Ace::Sim::Models::SimulationSession
#source Ace::Sim::Models::SimulationSession
start Ace::Sim::CLI
step_bundle_path Ace::Sim
#step_bundles Ace::Sim::Models::SimulationSession
#steps Ace::Sim::Models::SimulationSession
#synthesis_enabled? Ace::Sim::Models::SimulationSession
#synthesis_provider Ace::Sim::Models::SimulationSession
#synthesis_workflow Ace::Sim::Models::SimulationSession
#to_h Ace::Sim::Models::SimulationSession
#verbose Ace::Sim::Models::SimulationSession
#write_session Ace::Sim::Molecules::SessionStore
#write_synthesis Ace::Sim::Molecules::SessionStore
#write_text Ace::Sim::Molecules::SessionStore
#write_yaml Ace::Sim::Molecules::SessionStore
#writeback Ace::Sim::Models::SimulationSession