Method List
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#<< AsciiChem::Model::Formula
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#== AsciiChem::Model::Node
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[] AsciiChem::Formatter
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#above AsciiChem::Model::Reaction::Conditions
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#accept AsciiChem::Model::Node
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add AsciiChem::Linter::Registry
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all AsciiChem::Linter::Registry
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#apply AsciiChem::Transform::AnnotationApplicator
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#arrow AsciiChem::Model::Reaction
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#arrow_ascii AsciiChem::Model::Reaction
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#arrow_entity AsciiChem::Model::Reaction
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#as_terms AsciiChem::Transform::ReactionBuilder
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#ascii AsciiChem::Model::Bond
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#atom_annotation AsciiChem::Formatter::Text
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#atom_mapping AsciiChem::ModelAdapter::Translation
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#atom_mapping AsciiChem::ModelAdapter::ToCanonical
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#atom_parity AsciiChem::Model::Atom
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#atomic_number AsciiChem::PeriodicTable::Element
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atomic_number AsciiChem::PeriodicTable
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#atoms AsciiChem::Layout::Result
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#atoms_by_id AsciiChem::Layout::Result
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#attach_isotope_prefix AsciiChem::Formatter::Mathml
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banner AsciiChem::Cli
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#below AsciiChem::Model::Reaction::Conditions
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#bonds AsciiChem::Layout::Result
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#bracket AsciiChem::Model::Group
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bracket_kind AsciiChem::Transform::Group
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#build AsciiChem::Transform::AtomBuilder
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#build AsciiChem::Transform::ReactionBuilder
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#build AsciiChem::Transform::CascadeBuilder
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#build AsciiChem::ModelAdapter::ToCanonical
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#build AsciiChem::ModelAdapter::FromCanonical
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#charge AsciiChem::Layout::PositionedAtom
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#charge AsciiChem::Model::Atom
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#charge_row AsciiChem::Formatter::Mathml
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#children AsciiChem::Model::Node
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#children AsciiChem::Model::Group
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#children AsciiChem::Model::Formula
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#children AsciiChem::Model::Molecule
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#children AsciiChem::Model::Reaction
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#children AsciiChem::Model::ReactionCascade
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#close_char AsciiChem::Model::Group
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#coefficient AsciiChem::Model::Molecule
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collect AsciiChem::Cml::Extensions
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collect AsciiChem::Cml::GroupExtensions
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collect_top_level AsciiChem::Cml::Extensions
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#condition_text AsciiChem::Transform::ReactionBuilder
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#conditions AsciiChem::Transform::ReactionBuilder
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#conditions AsciiChem::Model::Reaction
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#content AsciiChem::Model::Name
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#content AsciiChem::Model::Text
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#convention AsciiChem::Model::Identifier
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#deserialize AsciiChem::Cml::Extensions::TopLevelHandler
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#diagnostic_label AsciiChem::Model::Atom
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#diagnostic_label AsciiChem::Model::Node
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#dict_ref AsciiChem::Model::Name
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#dict_ref AsciiChem::Model::Identifier
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#digit AsciiChem::RingBonds::RingBond
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#document AsciiChem::ModelAdapter::Translation
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each_in AsciiChem::RingBonds
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#element AsciiChem::Layout::PositionedAtom
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#element AsciiChem::Model::Atom
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element AsciiChem::PeriodicTable
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#element_name AsciiChem::Cml::Extensions::TopLevelHandler
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#empty? AsciiChem::Layout::Result
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empty_result AsciiChem::Layout
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#entity AsciiChem::Model::Bond
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errors? AsciiChem::Linter
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extract AsciiChem::Cml::Extensions
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extract AsciiChem::Cml::GroupExtensions
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extract_top_level AsciiChem::Cml::Extensions
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flatten_canonical_atoms AsciiChem::Cml::Extensions
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flatten_formula_atoms AsciiChem::Cml::Extensions
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#format_coord AsciiChem::Formatter::Text
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#formula AsciiChem::Model::EmbeddedMath
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#formulas AsciiChem::Model::Molecule
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from_asciichem AsciiChem::Cml
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from_asciichem AsciiChem::Cml::Translator
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#from_atom AsciiChem::RingBonds::RingBond
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from_canonical AsciiChem::ModelAdapter
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#from_id AsciiChem::Layout::PositionedBond
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from_parse_tree AsciiChem::Transform::AtomBuilder
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#groups AsciiChem::ModelAdapter::Translation
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#groups AsciiChem::ModelAdapter::ToCanonical
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#height AsciiChem::Layout::Result
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#id AsciiChem::Layout::PositionedBond
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#identifiers AsciiChem::Model::Molecule
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#initialize AsciiChem::Parser
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#initialize AsciiChem::Transform::AnnotationApplicator
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#initialize AsciiChem::Transform::CascadeBuilder
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#initialize AsciiChem::Formatter::Mathml
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#initialize AsciiChem::Model::ReactionCascade
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#initialize AsciiChem::ModelAdapter::ToCanonical
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#initialize AsciiChem::Model::ElectronConfiguration
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#initialize AsciiChem::ModelAdapter::FromCanonical
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inject AsciiChem::Cml::Extensions
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inject AsciiChem::Cml::GroupExtensions
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inject_top_level AsciiChem::Cml::Extensions
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#isotope AsciiChem::Layout::PositionedAtom
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#isotope AsciiChem::Model::Atom
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#j_value AsciiChem::Model::ElectronConfiguration::TermSymbol
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#kind AsciiChem::Layout::PositionedBond
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#kind AsciiChem::Transform::ReactionBuilder
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#kind AsciiChem::Model::Bond
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known? AsciiChem::PeriodicTable
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#labels AsciiChem::Model::Molecule
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layout AsciiChem::Layout
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#letter AsciiChem::Model::ElectronConfiguration::TermSymbol
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#lint AsciiChem::Cli
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#lone_pairs AsciiChem::Model::Atom
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#max_valence AsciiChem::PeriodicTable::Element
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max_valence AsciiChem::PeriodicTable
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#message AsciiChem::Linter::Diagnostic
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#metadata AsciiChem::Model::Molecule
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#molecule_annotations AsciiChem::Formatter::Text
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#multiplicity AsciiChem::Layout::PositionedAtom
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#multiplicity AsciiChem::Model::Group
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#multiplicity AsciiChem::Model::ElectronConfiguration::TermSymbol
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#names AsciiChem::Model::Molecule
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names AsciiChem::Linter::Registry
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#node AsciiChem::Linter::Diagnostic
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#node_class AsciiChem::Cml::Extensions::TopLevelHandler
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#nodes AsciiChem::Model::Group
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#nodes AsciiChem::Model::Formula
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#nodes AsciiChem::Model::Molecule
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normalise AsciiChem::Transform::StereoNormaliser
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#open_char AsciiChem::Model::Group
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#orbitals AsciiChem::Model::ElectronConfiguration
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#oxidation_state AsciiChem::Model::Atom
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parse AsciiChem
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parse AsciiChem::Cml
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#parse AsciiChem::Parser
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#parse_cml AsciiChem::Cli
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#products AsciiChem::Model::Reaction
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#properties AsciiChem::Model::Molecule
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#radical_electrons AsciiChem::Model::Atom
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#reactants AsciiChem::Model::Reaction
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register AsciiChem::Linter::Base
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render AsciiChem::Formatter
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#render AsciiChem::Formatter::Base
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reset AsciiChem::Linter::Registry
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restore AsciiChem::Cml::Extensions
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restore AsciiChem::Cml::GroupExtensions
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restore_top_level AsciiChem::Cml::Extensions
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#ring_closures AsciiChem::Model::Atom
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#roundtrip AsciiChem::Cli
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run AsciiChem::Linter
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#run AsciiChem::Linter::Base
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#run AsciiChem::Linter::BalanceCheck
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#run AsciiChem::Linter::ValenceCheck
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#run AsciiChem::Linter::UnclosedRingCheck
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#run AsciiChem::Linter::IsotopeSanityCheck
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#run AsciiChem::Linter::BracketBalanceCheck
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#run AsciiChem::Linter::ElementValidationCheck
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#serialize AsciiChem::Cml::Extensions::TopLevelHandler
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#severity AsciiChem::Linter::Diagnostic
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short_name AsciiChem::Model::Node
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#source AsciiChem::Model::EmbeddedMath
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#steps AsciiChem::Model::ReactionCascade
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#stereo AsciiChem::Model::Molecule
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#stereo_letter AsciiChem::Model::Molecule
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strip_quotes AsciiChem::Transform::TextNormaliser
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#subscript AsciiChem::Model::Atom
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#super_element AsciiChem::Formatter::Mathml
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#superscript AsciiChem::Model::Atom
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#symbol AsciiChem::PeriodicTable::Element
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symbols AsciiChem::PeriodicTable
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#term_symbol AsciiChem::Model::ElectronConfiguration
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#text AsciiChem::Parser
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#title AsciiChem::Model::Molecule
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#to_a AsciiChem::Transform::FormulaNormaliser
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to_asciichem AsciiChem::Cml::Translator
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#to_atom AsciiChem::RingBonds::RingBond
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to_canonical AsciiChem::ModelAdapter
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to_canonical_with_mapping AsciiChem::ModelAdapter
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#to_cml AsciiChem::Model::Node
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#to_html AsciiChem::Model::Node
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#to_id AsciiChem::Layout::PositionedBond
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#to_latex AsciiChem::Model::Node
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#to_mathml AsciiChem::Model::Node
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#to_s AsciiChem::Transform::CoefficientNormaliser
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#to_s AsciiChem::Transform::MultiplicityNormaliser
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#to_s AsciiChem::Model::ElectronConfiguration::TermSymbol
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#to_s AsciiChem::Model::ElectronConfiguration
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#to_svg AsciiChem::Model::Node
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#to_text AsciiChem::Model::Node
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translate AsciiChem::Greek
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unclosed_atoms AsciiChem::RingBonds
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#value AsciiChem::Model::Identifier
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#value_attributes AsciiChem::Model::Atom
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#value_attributes AsciiChem::Model::Bond
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#value_attributes AsciiChem::Model::Node
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#value_attributes AsciiChem::Model::ElectronConfiguration
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#version AsciiChem::Cli
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#width AsciiChem::Layout::Result
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#wrap_lewis_prefix AsciiChem::Formatter::Mathml
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#wrap_lewis_suffix AsciiChem::Formatter::Mathml
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#wrap_sub_and_super AsciiChem::Formatter::Mathml
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#x AsciiChem::Layout::PositionedAtom
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#x2 AsciiChem::Model::Atom
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#y AsciiChem::Layout::PositionedAtom
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#y2 AsciiChem::Model::Atom
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#z2 AsciiChem::Model::Atom